TRAMA In un mondo dove le capacità dei numerosissimi esper, persone con diversi poteri mentali, sono migliorabili tramite la tecnologia e la scienza, nelle vicinanze di Tokyo sorge la Città-Studio (学園都市 Gakuen Toshi?, "Città Accademica"), nata per sopperire alle necessità di queste persone ed aiutarle nel loro sviluppo dei loro poteri migliorandoli ed imparando a controllarli. Qui uno studente delle superiori, Tōma Kamijō, sembra non possedere nessuna particolare abilità (viene quindi classificato come Livello 0), tuttavia il suo braccio destro possiede la capacità unica di annullare qualsiasi potere esper o magico, abilità chiamata Imagine breaker (Distruggi illusioni). La storia inizia quando un'estate, precisamente la mattina del 20 luglio, Tōma ritrova svenuta sul balcone del suo appartamento una piccola suora vestita di bianco e dai capelli argentati. Il suo nome è Index e si rivela essere presto piuttosto capricciosa ed iperattiva. Sembra però che possegga una particolare abilità: la Memorizzazione Perfetta, è ovvero in grado di memorizzare tutto ciò che vede senza tralasciarne nessun particolare. Proprio a causa di questo suo potere la Chiesa Puritana Inglese, la stessa da cui proviene Index, ha fatto memorizzare alla suora 103.000 Grimori, libri proibiti, facendola così diventare Index Librorum Prohibitorum (Indice dei libri proibiti). A causa di ciò, Index è inseguita da dei maghi che tentano di impadronirsi dei Grimori e Tōma si ritroverà così, suo malgrado, a dover proteggere Index, venendo a conoscenza dei segreti che si celano dietro a questa storia. Ma oltre a ciò Tōma dovrà fare i conti con altri misteri che avvolgono la scienza della Città-Studio, tra cui pericolosi esperimenti eseguiti in cerca del leggendario Livello 6 insieme ai molti alleati e amici che troverà a partire da quell'estate che ha cambiato la sua vita.